1、碳氮比。
在微生物分解所需的各種元素中，碳和氮是非常重要的。碳氮比與堆肥溫度有關，原料碳氮比高，碳素多，氮素養料相對缺乏，細菌和其它微生物的生長就受到限制，有機物的分解速度就慢，發酵過程就長。如果碳氮比例高，容易導致成品堆肥的碳氮比過高，這種堆肥施入土壤后，將奪取土壤中的氮素，影響作物生長。但是碳氮比過低，特別是低于20:1，可供消耗的碳素少，氮素養料相對過剩，則原料中的氮將變成氨態氮而揮發，導致大量的氮素損失而降低肥效。
為了使參與有機物分解的微生物營養處于平衡狀態，堆肥碳氮比應滿足微生物所需的最佳值25～35:1，糞便的碳氮比含量較低，應通過補加含碳量高的物料(如秸稈)來調節碳氮比。以含水率75% 的雞糞為例，按重量比，添加秸稈的比例大約為雞糞：秸稈=5:1。
2、含水率。
堆肥原料的含水率通常是在50%～60%左右。當含水率太低(<30%)時將影響微生物的生命活動，太高也會降低堆肥速度，導致厭氧菌分解并產生臭氣以及營養物質的瀝出。不同養殖工藝畜禽糞便的含水率相差很大，通常采用干清糞工藝糞便的含水率為75%～80%。堆肥物料的含水率還與設備的通風能力及堆肥物料的結構強度密切相關，若含水率超過60%，水分就會擠走空氣，堆肥物料便呈致密狀態，堆肥就會朝厭氧方向發展，此時應加強通風。反之，堆肥物料中的含水率低于20%，微生物將停止活動。
3、溫度。
對堆肥而言，溫度是堆肥得以順利進行的重要因素，溫度會影響微生物的生長，一般認為高溫菌對有機物的降解效率高于中溫菌。堆肥初期，堆體溫度一般與環境溫度相一致，堆肥溫度便能達到高溫菌的理想溫度50～65℃，在這樣的高溫下，即可達到無害化要求。過低的溫度將大大延長堆肥達到腐熟的時間，而過高的堆溫(≥70℃)將對堆肥微生物產生不利影響。
4、通風供氧。
通風供氧是堆肥成功的關鍵因素之一。堆肥需氧的多少與堆肥物料中有機物含量有關，堆肥物料中的有機碳越多，其耗氧率越大。堆肥過程中合適的氧濃度為18%，一旦低于18%，好養堆肥中微生物生命活動將受到限制，容易使堆肥進入厭氧狀態而產生惡臭。
5、pH值。
pH值對微生物的生長也是重要影響因素之一，一般微生物最適宜的PH值是中性或弱堿性，pH值太高或太低都會使堆肥處理遇到困難。此外，pH值也會影響氮的損失，因此，PH值在7.0以上時，氮以氨的形式揮發。但在一般情況下，畜禽糞便的pH能滿足發酵要求。
6、接種劑。
向畜禽糞便中加入接種劑(微生物菌劑)可以加快堆腐物料的發酵速度。向堆肥中加入分解較好的廄肥或加入占原始物料10%～20%的腐熟堆肥，能加快發酵速度。在堆制過程中，按自然方式形成了參與有機廢棄物發酵以及從分解產物中形成腐殖質化合物的微生物群落。通過有效的菌系選擇，可以從中分離出具有很大活性的微生物培養物，建立人工種群與堆肥發酵要素母液。
7、堆肥原料尺寸。
因為微生物通過在有機顆粒的表面活動，所以降低顆粒物尺寸，增加表面積，將促進微生物的活動并加快堆肥速度;另一方面，如果原料太細，又會阻礙堆層空氣的流動，將減少堆層中可利用的氧氣量，反過來又會減緩微生物活動速度。因此，為了加快發酵過程，應在保證空氣通透的前提下盡量減小堆肥原料的尺寸。畜禽糞便本身呈稠漿狀，一般需添加大尺寸物料增加孔隙度。
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